变性人和人妖是两种不同的概念，人们容易混淆。变性人和人妖的区别主要有以下几点：
1、性别
变性人完全摘除或作掉了变性之前的性器官。而人妖只是男性从小服用了大量的雌激素所导致的第二性征发育变态，但还是男性。
2、性取向
变性人是因为心理异性化，男女都有，因为各种心理原因而转化了自己的性别，包括了摘除自己的性器官和移植异性的性器官。由于雌性激素的影响，人妖的性取向多为男性(男性向)。
3、身体改变
以男变女的变性人为例，变性之后阴茎和阴囊被完全摘除，尿道也被移位。但为了保持女性的身材，必须定期服用雌激素来维持，身体需要一段很长的时间来适应。
人妖男性生理特征便逐渐萎缩，如男性生殖器，就会变得又短又小，而皮肤就会变得细润，有光泽，臀部，胸部会越发达，像女性一样，肌肉减少，皮下脂肪增多，皮肤富于弹性，胸乳增长快的，比普通女性还高耸，浑圆。
4、寿命
人妖寿命不长，这是因为人妖需要长期的、大剂量的使用激素，使身体激素维持在高水平。人妖寿命的长短与激素剂量的大小有关。而变性人通过手术摘除性器官，术后只会辅助性地用一些雌性激素，剂量相比之下少很多，对寿命的影响也没那么大。